Der Eckstein, der sich außen im Turm befindet, verweist auf drei Gründungsdaten

• 1195 wurde St. Nikolai als erste Kirche außerhalb der Stadtmauern im Zuge einer sich in Richtung Hafen erweiternden und modernisierenden Stadt („Neue Burg“) gegründet.
• 1846 wurde der Grundstein für die von dem Engländer Gilbert Scott entworfene neugotische Kirche gelegt, nachdem die spätgotisch-barocke Nikolai-Kirche beim Hamburger Brand von 1842 zerstört worden war.
• 1960 erfolgte dann die Grundsteinlegung für die Hauptkirche St. Nikolai am Klosterstern, die dann 1962 geweiht wurde.

In der Mitte des Turmsaals steht das Taufbecken, das auch der Tauferinnerung dient. Daher wird die Eingangshalle auch Baptisterium (Taufhalle) genannt. Das Baptisterium nutzen wir als Raum für Ausstellungen unterschiedlicher Art und ist gleichzeitig der Zugang zur Kirche.

Das nach Ausbruch des Zweiten Weltkriegs fertiggestellte Kirchenfenster von Elisabeth Coester hat den Kampf Michaels mit dem Drachen zum Hauptthema und orientiert sich an dem 12. Kapitel der Offenbarung des Johannes. Es war noch für die 1943 zerstörte St. Nikolai-Kirche am Hopfenmarkt geplant, wurde aber nicht mehr eingebaut. Für den Bau der Hauptkirche St. Nikolai am Klosterstern erhielt Architekt Gerhard Langmaack den Auftrag, als Eingangshalle einen Raum mit diesem Fenster zu gestalten. 2011 wurde das Fenster - auch dank vieler Spenden - aufwendig restauriert und saniert.

Vor der Tür zum Kirchraum befindet sich eine Mamorstatue. An seiner Mitra erkennt man den Bischof. Viele denken an St. Nikolaus, den Namenspatron unserer Kirche, aber es ist der Heilige Ansgar (801 – 865), Mönch des Benediktiner- Ordens, Erzbischof von Hamburg und Bremen und Missionsbischof für Skandinavien. Ursprünglich aber begrüßte er die Menschen in der alten Nikolai-Kirche. Die Statue stand über dem Portal des Nebeneingangs. Durch die Bombardierung der Kirche wurde auch diese Statue, sie stammt aus dem Jahr 1870, beschädigt. Die Hände brachen ab und damit auch der Bischofsstab, den er in der rechten Hand hielt. Vor dem Aufstellen in unserem Baptisterium wurde die Figur aufwendig restauriert. Sie ist Erinnerung an den ersten Bischof von Hamburg und gleichzeitig Verbindung zur alten Nikolai-Kirche, dem heutigen Mahnmal.

An den Namenspatron unserer Kirche erinnert auch die Wetterfahne auf der Spitze des Glockenturms. Sie stellt St. Nikolaus als Orientierungsfigur dar. Er steht in einem Schiff, dem Symbol für die Kirche, und findet selbst Halt am dem Mast des Schiffes mit dem Kreuz darauf.

Warum die Tür „Nikolaus-Tür“ heißt, erschließt sich nur von außen. Sie erzählt die bekannteste Legende des Bischofs und Namenspatrons unserer Kirche. Der heilige Nikolaus ist Schutzpatron der Kinder, der jungen Frauen, der Kaufleute, der Seefahrer und Reisenden und der Bäcker und ist ein Symbol für die Vielgestaltigkeit der Gemeindearbeit von St. Nikolai. Die Nikolaus-Tür wurde von Fritz Fleer geschaffen und ist mehr als nur ein zweiter Zugang zur Nikolai-Kirche – sie ist gleichzeitig die Brauttür, durch die Brautpaare zur Trauung in die Kirche einziehen.

Der Torso Christi vom Hauptaltar der zerstörten Kirche soll an die Schrecken der Bombennächte des zweiten Weltkrieges erinnern und gleichzeitig daran, dass unser Leben in seiner Torsohaftigkeit in Christus aufgefangen ist.

Der siebenarmige Leuchter von Ricarda Wyrwol (2001) nimmt die Verkündigung des Propheten Sacharja (4, 2) auf und weist auf die gemeinsame Geschichte von Juden und Christen in der Erwartung des Messias hin. Er ist mahnende Erinnerung an das, was Deutsche ihren jüdischen Mitbürgern angetan haben.

Der Altar vor dem Fenster ist zusammengestellt aus Relikten der Ruine der St. Nikolai-Kirche am Hopfenmarkt

Nicht sichtbar, aber hörbar ist unser Geläut. Die fünf Glocken (Friedensglocke; Apostelglocke, Vaterstadtglocke, Nikolausglocke, Ewigkeitsglocke) wurden aus dem Material der Glocken der 1943 zerstörten Nikolai-Kirche gegossen und wiegenzusammen über 18 Tonnen.

Das klar und streng gestaltete Kruzifix von dem Hamburger Bildhauer Fritz Fleer steht hinter dem Altar und ist gestaltet wie ein Vortragekreuz auf Prozessionen. Es machtdeutlich, dass wir unterwegs sind, unser Weg aber auch immer wieder Ruhepausenfindet in der Kirche.

Der Orgelprospekt hat die Segel eines Schiffes als Symbol aufgenommen. Das Schiff der Kirche ist mit den Menschen unterwegs. Die Segel der Orgel stehen für die Kirchenmusik, die an St. Nikolai mit einem reichhaltigen Programm gepflegt wird und mit dafür Sorge tragen, dass das Schiff der Kirche in Fahrt bleibt. Die größte Orgelpfeife misst 6,18 Meter, die kleinste nur 6 Millimeter.

Über dem Kruzifix befindet sich seit 1974 das Mosaik „Ecce homines“ (Seht, die Menschen) von Oskar Kokoschka. Es ist nicht in die Rückwand des Altarraums eingelassen, sondern hängt eingerahmt davor und tritt um so kontrastreicher hervor. Kokoschka hat es entworfen, „damit die Menschen endlich barmherziger werden“. Es befremdet, irritiert und zwingt den Betrachter so, sich mit den leidenden und den anderen Leid zufügenden Menschen auseinanderzusetzen. Das Mosaik rief damals und ruft auch heute unterschiedliche Reaktionen hervor.

Links neben der Kanzel befindet sich der Druckstock des Heiligen Ansgar von HAP Grieshaber. Die Darstellung kommt am besten zur Geltung, wenn sie von der Sonne aus Richtung Osten angestrahlt ist. Sie erinnert an die Anfänge der Kirche in Hamburg.

Die Kanzel als Steuermannsbrücke macht deutlich, dass St. Nikolai als Evangelisch-Lutherische Kirche eine Kirche des Wortes ist.

An der Kanzel befinden sich drei Bronze-Reliefs aus der Apostelgeschichte des Lukas, meisterlich gestaltet von Fritz Fleer, Die mittlere, in Richtung Süden weisende Tafelzeigt das Pfingstgeschehen, die Ausgießung des Heiligen Geistes. Die linke Tafel mit dem das Wort Gottes verkündenden Petrus weist auf die in der Kirche versammelte Gemeinde. Die rechte Tafel mit der Heilung des Lahmen an der Tempeltür weist auf den Altar und zeigt, von woher Hilfe zu erwarten ist.

Die Kanzelbehänge (Antependien) in Gold- und Silberstickerei (violett, weiß, rot, grün) von der finnischen Künstlerin Eira Ahola entsprechen den Kirchenjahreszeiten.