St. Nikolai am Klosterstern ist die zweitälteste und zugleich die jüngste der fünf Hamburger Hauptkirchen. Erstmals 1195 als Kapelle in der damaligen Neustadt erwähnt, wurde sie bis 1353 zu einer dreischiffigen gotischen Hallenkirche vergrößert. Diese fiel 1842 dem Hamburger Brand zum Opfer, der mehr als ein Viertel des damaligen Stadtgebietes in Schutt und Asche legte.

Die in neugotischem Stil in den Jahren 1846-74 wieder errichtete Kirche erlitt bei den verheerenden Bombenangriffen auf Hamburg im Juli 1943 schwere Schäden. Die stehen gebliebenen Außenmauern wurden nach 1945 gesprengt. Nur der 147 Meter hohe Turm, der bei den Luftangriffen als Zielmarkierung gedient hatte, blieb als Mahnmal erhalten.

In der 50er Jahren entschied man sich, die Hauptkirche in den Stadtteil Harvestehude zu verlegen. Am alten Standort waren nämlich beim Wiederaufbau fast ausschließlich Büro-und Geschäftshäuser errichtet worden, sodass in der Innenstadt kaum noch Menschen wohnen. 1962 wurde die neue Kirche am Klosterstern geweiht. Das Logo von St. Nikolai mit den beiden stilisierten Türmen der alten und der neuen Kirche symbolisiert die geschichtliche Kontinuität der Gemeinde.

Dieses Bild zeigt drei Generationen Hauptkirchenmusiker an St. Nikolai: In der Mitte der im Januar 2007 im Alter von 92 Jahren verstorbene Walter Gebhardt (1957-1979), rechts Ekkehard Richter (1979-2002), links Matthias Hoffmann-Borggrefe (seit 2002).

Ein anschauliches Zeitdokument sind die Erinnerungen eines Sängers an die Anfangszeit der Kantorei St. Nikolai.