Der Hamburger Knabenchor St. Nikolai wurde 1960 als „Knabenchor des Norddeutschen Rundfunks“ vom NDR durch Horst Sellentin und Max Thurn gegründet. 1967 ging die Trägerschaft auf den Verein „Hamburger Knabenchor e.V.“  über, und der Chor fand an der  Hamburger Gemeinde St. Nikolai eine neue Heimat und Konzertstätte. Nach dem Tode seines Gründers 1973 übernahm  der Luruper Kantor Ekkehard Richter die Leitung. Auf ihn folgte 1991 die Kirchenmusikdirektorin Rosemarie Pritzkat. Sie begründete eine Chor-Schule, in der heute über 100 Knaben- und junge Männerstimmen umfassend ausgebildet werden. Seit 2015 agiert der Chor als eigenständiger Verein, die Hauptkirche St. Nikolai ist weiterhin seine Residenzkirche und häufige Konzertstätte, insbesondere zu Gottesdiensten und zentralen Festen des Kirchenjahres. Zu Jahresbeginn 2021 wurde Luiz de Godoy zum neuen künstlerischen Leiter des Hamburger Knabenchores berufen. Der gebürtige Brasilianer mit einer reichen internationalen Erfahrung als Chorleiter und Dirigent war bis 2019 Kapellmeister der weltberühmten Wiener Sängerknaben. Zur Spielzeit 2019/20 hatte ihn die Hamburger Staatsoper in die Hansestadt geholt und mit der Leitung ihres Kinder- und Jugendchores "Alsterspatzen" betraut.