Neben der regelmäßigen Gestaltung von Gottesdiensten liegt der Schwerpunkt der musikalischen Arbeit an St. Nikolai auf der konzertanten Darbietung der oratorischen Literatur vom Frühbarock bis zur Moderne. Von zentraler Bedeutung ist dabei das Werk Johann Sebastian Bachs, dessen Passionen, Weihnachtsoratorium sowie verschiedene Kantaten alljährlich aufgeführt werden. Auch die großen Werke der Klassik und Romantik stehen regelmäßig auf dem Programm.
